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用途作為藥物，適用于各種急性、慢性及；外科或手，或脫臼引起的，、血腫、性、、、、、、、靜及其他發炎、。作為食品加工助劑，主要用于啤酒抗寒、肉類軟化、各類預煮準備、水解蛋白質的生產。用途酶制劑，木瓜蛋白酶廣泛用于肉類嫩化，也可作為啤酒的澄清劑使用。生產方法取新鮮干凈的菠蘿皮、刺、芯等出汁率達45%以上的下腳料，壓榨，取汁濾除果屑。濾液添加0.025-0.05%的苯甲酸，加5%高嶺土進行吸附。Chemicalbook將高嶺土吸附物用飽和碳酸鈉溶液調pH6.7-7.0后，加5%氯化鈉，攪拌后壓濾。取濾液用鹽酸調pH4.8-5.1，加硫酸銨，靜置沉淀，取沉淀減壓干燥，即為菠蘿蛋白酶。對菠蘿下腳料計，收率0.054-0.103%。生產方法由菠蘿(Ananascomoslgs和A.bracteatus)果實及莖(主要利用其外皮)經壓榨提取、鹽析(或丙酮、乙醇沉淀)再分離、干燥而得。類別有毒物質毒性分級高毒急性毒性腹腔-大鼠LD50:85毫克/公斤;腹腔-小鼠LD50:37毫克/公斤可燃性危險特性熱分解排出刺激煙霧