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纖維素酶的來源非常廣泛，昆蟲、軟體動物、原生動物、細菌、放線菌、真菌等都能產生纖維素酶。1.細菌:細菌產生纖維素酶的量較低，主要是EG，大多數對結晶纖維素沒有活性，而且所產生的酶是胞內酶或吸附在細菌壁上，很少能分泌到細胞外，增加了提取純化的困難，在工業上實際很少采用。目前研究較多的是纖維素粘菌屬、生孢纖維粘菌屬和纖維桿菌屬。2.放線菌:對放線菌的研究很少。分枝桿菌和原放線菌幾乎不產纖維素酶或產量極低，產量稍高的主要是黑紅旋絲放線菌、玫瑰色放線菌、纖維放線菌和白玫瑰放線菌。3.真菌:目前用于生產纖維素酶的微生物大多屬于真菌，研究較多的有木霉屬、曲霉屬、根霉屬和漆斑霉菌。它們能產生大量的纖維素酶，其中尤以木霉屬的產量居多。李氏木霉和綠色Chemicalbook木霉等是木霉屬中酶活性較高的菌種。真菌產生三類纖維素酶，能分泌到菌體，一般不聚集形成多酶復合體，但相互發生強烈的協同作用。目前已制成制劑的有綠色木霉、黑曲霉、鐮刀霉，以及擬青霉和斜臥青霉等纖維素酶。4.酵母:由于纖維素酶工業化生產的需要，要求提高酶的產量、外分泌性和耐熱性。近來對纖維素酶基因克隆研究較多。雖然幾乎所有已克隆的基因都能在大腸桿菌中表達，但由于提取困難和表達水平低，目前將基因表達方面的研究轉向于真核表達系統，目前應用較多的是酵母表達系統。酵母不產生毒素，用其表達纖維素酶基因，其產物高度糖基化，經正確加工修飾后可直接分泌至培養基，表達水平高。如酵母表達的CHBⅡ、EGⅠ的產量可達100mg/L以上，并具有正常的生物學活性。