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多聚果糖的測定方法文獻報道較少，主要測定方法有液相色譜法、離子色譜法、分光光度法、酶聯免疫試劑盒法等。由于嬰幼兒乳粉及調制乳粉中碳水化合物主要含有葡萄糖、果糖、蔗糖、乳糖及麥芽糊精等，成分復雜，碳水化合物總含量大都在50%以上，而強化的多聚果糖含量一般僅為0.5%～2.0%，甚至不足0.1%，采用色譜法測定多聚果糖其干擾物質較多，且能測定聚合度為2～4的低聚果糖部分；酶聯免疫法通過測定樣品酶解前后果糖與蔗糖含量，進而計算得出多聚果糖含量，因試劑盒的穩定性、準確性等原因，其結果的準確性與重復性不甚理想；美國AOAC標準中制定的總果聚糖離子色譜法與分光光度法使用β-淀粉酶、普魯蘭酶、麥芽糖酶、外切菊粉酶、內切菊粉酶等多種酶酶解后測定，操作步驟復雜、結果重復性差。

多聚果糖本身成分復雜，主要是由聚合度為2～60的果聚糖組成，其中低聚果糖（聚合度為2～8）可溶于乙醇，而更高聚合度的果聚糖則屬于不溶于乙醇，因此乙醇提取并沉淀蛋白方式也不適用于乳粉類樣品中多聚果糖的測定，多聚果糖只能采用果聚酶水解的間接方法測定