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微生物蛋白酶又可分為細菌蛋白酶、真菌蛋白酶、放線菌蛋白酶。按其對蛋白質作用部位的不同，又可分為內肽酶和外肽酶。按其作用最適pH值可分為酸性蛋白酶、中性蛋白酶、堿性蛋白酶。按其起作用的活性中心和基因不同，可分為巰基蛋白酶、金屬蛋白酶、絲氨酸蛋白酶，以及只能水解某一種或某兩種氨基酸之間肽鍵的蛋白酶。重要的有胃蛋白酶、胰蛋白酶、組織蛋白酶、木瓜蛋白酶和枯草桿菌蛋白酶等。用途蛋白酶通常都是用發(fā)酵法制備的。

目前在焙烤工業(yè)中使用的蛋白酶有霉菌蛋白酶、細菌蛋白酶和植物蛋白酶。面包生產中應用蛋白酶能改變面筋性能，其作用形式和面包調制時力的作用及還原劑的化學反應不同。蛋白酶的作用不是破壞二硫鍵，而是斷開形成面筋的三維網狀結構。蛋白酶在面包生產中的作用主要表現在面團發(fā)酵過程中。由于蛋白酶的作用，使面粉中的蛋白質降解為肽、氨基酸，以供給酵母碳源，促進發(fā)酵